人の健康を衛り、水生生態系を保全し、安全安心な水環境を確保するため、生理活性物質（医薬品類やホルモン様物質）等の微量化学分析、藻類・甲殻類・魚類や動物、魚類のホルモン受容体を用いたバイオアッセイを組み合わせ、水の健全性を評価します。また、下水処理過程における化学物質の挙動解明や削減技術を開発し、さらに分解過程の中間生成物の同定や影響評価を行います。

持続可能な水資源確保、環境管理、エネルギー管理の視点から、水の再利用の研究の必要性が、世界的に高まっています。再生水の水質、リスク、水利用面を、微量化学分析、病原性微生物、 安全性評価と処理エネルギー節減の面から評価します。

水域や排水での病原微生物の汚染実態把握、指標微生物の由来と環境挙動、前処理を含めた消毒技術、合流式下水道の処理場での制御技術の開発、震災時に対応した有効な下水技術の開発を行います。

自然と人工の水循環を都市や流域規模でとらえ、水量、水質やエネルギーをモニタリング・評価し、水環境マネジメントを行うため、水、物質、エネルギーの統合管理を行う必要があります。琵琶湖・淀川水系と英国・中国・韓国等との流域汚染の比較やその汚染の由来と影響を比較し、水域での動態を把握するため人や生態系へのリスクが懸念されるウイルス、微量汚染化学物質、消毒副生成物等の環境動態把握、モデル化、削減対策を検討し、新しい都市・流域水循環系を構築する研究を行います。